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La commission de vérification des fonds spéciaux a été créée par l'article 154 de la loi du 28 décembre 2001 de finances pour 2002.
Les rapports d'activité de 2011 et de 2012 de la délégation parlementaire au renseignement puis le rapport d'évaluation de la commission des lois en 2013, préconisèrent l'absorption de la commission par la délégation afin d'étoffer et d'unifier le spectre du contrôle parlementaire sur le sujet. Le Gouvernement a suivi cette préconisation. L'article 13 de la loi du 18 décembre relative à la programmation militaire pour les années 2014 à 2019 et portant diverses dispositions concernant la défense et la sécurité nationale a ainsi intégré la commission à la délégation.
La commission devenue une "formation particulière" de la délégation parlementaire au renseignement est composée de deux députés et de deux sénateurs, membres de la délégation. Ils sont désignés de manière à assurer une représentation pluraliste. Le président de la commission de vérification est désigné chaque année par les membres de la délégation.
Chaque année, la commission de vérification des fonds spéciaux présente un rapport, qui n'est pas public, aux autres membres de la délégation au renseignement. Puis, celui-ci est remis, par le Président de la délégation, aux présidents et rapporteurs généraux des commissions de l'Assemblée et du Sénat chargées des finances ainsi qu'au Président de la République et au Premier ministre.