Les règles applicables en matière budgétaire reposent sur un principe de base, l’autonomie financière des assemblées parlementaires, qui lui-même procède du principe plus général de séparation des pouvoirs.
L’Assemblée nationale prépare son projet de budget annuel sous l’autorité des Questeurs. Puis une commission commune, composée des questeurs des deux assemblées (six au total) et présidée par un membre de la Cour des comptes, lui-même assisté de deux magistrats de la Cour ayant voix consultative, arrête le montant des crédits nécessaires au fonctionnement de chaque assemblée qui sera inscrit dans le projet de loi de finances au titre de la mission "Pouvoirs publics". Un rapport explicatif établi par la commission commune est annexé à ce projet de loi.
Les comptes de l’Assemblée nationale étant compris dans le champ de la procédure de certification des comptes de l’Etat, il a été décidé de confier à une entité tierce – le Conseil supérieur de l’Ordre des experts-comptables puis, à compter de l’exercice 2013, la Cour des comptes – le soin de procéder à leur certification.
Le contrôle de l’exécution du budget relève de la Commission spéciale chargée de vérifier et d’apurer les comptes qui est composée de quinze députés désignés à la représentation proportionnelle des groupes politiques. Cette commission reçoit du Collège des Questeurs un rapport sur le règlement des comptes de l’exercice écoulé. Elle établit elle-même chaque année un rapport.