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La commission des affaires européennes succède, en vertu de la nouvelle rédaction de l'article 88-4 introduite par la loi constitutionnelle du 23 juillet 2008, à la délégation pour l'Union européenne créée par la loi du 6 juillet 1979. Sa dénomination a été fixée par l'article 151-1 du Règlement de l'Assemblée nationale (résolution du 27 mai 2009).
| Législature | Président |
| Sixième législature | Michel Cointat (18 octobre 1979) |
| Marc Lauriol (25 novembre 1980) | |
| Septième législature | Charles Josselin (22 juillet 1981) |
| Gérard Gouzes (27 novembre 1985) | |
| Huitième législature | Michel Cointat (7 mai 1986) |
| Neuvième législature | Charles Josselin (26 octobre 1988) |
| Michel Pezet (21 avril 1992) | |
| Dixième législature | Robert Pandraud (20 avril 1993) |
| Onzième législature | Henri Nallet (24 juin 1997) |
| Alain Barrau (25 mars 1999) | |
| Douzième législature | Pierre Lequiller (du 4 juillet 2002 au 19 juin 2007) |
| Treizième législature | Pierre Lequiller (du 4 juillet 2007 au 19 juin 2012) |
| Quatorzième législature | Danielle Auroi (4 juillet 2012 - 20 juin 2017) |
| Quinzième législature | Sabine Thillaye (29 juin 2017- |